Research at D-BSSE | Forschung am D-BSSE

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The smallest unit of life is the cell. Its structures, functions and molecular processes characterise the cell as fundamental building block of every living organism. While unicellular organisms such as bacteria or yeast live on their own, their existence depends on interactions between themselves and their surrounding environments. In multicellular organisms, cells form tissues and organs that perform certain tasks, such as the nervous system or the immune system.
Depending on the research questions, different biological systems of varied dimensions are being studied at the D-BSSE. Scientists investigate and describe quantitatively the organisation and integration of biological systems, be it at organismal, or cellular level or even molecular level. Our experimental biologists have this systems’ focus in research. In addition, there are researchers at D-BSSE who look into developing strategies and techniques for studying, altering and designing cell (or molecular) functions for applications in medical and other biotechnological products and therapies. These are our bio-engineers and synthetic biologists. D-BSSE researchers also analyse large biological data sets (often termed ‘Big data analysts’) that result for example from genomic sequencing, to uncover patterns that lead to (or favour) diseases. These analyses are done by our computational biologists and bioinformaticians. In fact, most D-BSSE scientists perform a blend of all the above mentioned disciplines in their daily research - they work interdisciplinarily.
Research challenges

Researchers at D-BSSE investigate questions such as: How does an entire system (of one cell and its interior components or a group of cells in a tissue) interact with neighbouring systems? How do outside disturbances or internal mistakes interfere with the functional processes of the biological system, and when do these disturbances trigger disease of the cell or even its death? Which processes lead to cell disease and which parts can be intentionally edited or altered to prevent a healthy cell from turning into a cancerous state? Which patterns in the cell genome hint at aberrations in normal cell functions or disease? How can the cells' toolboxes be harvested in order to reprogram cells or make molecular medicines?
Because of the complexity of these questions, researchers with different backgrounds work together and integrate the scientific knowledge and concepts from biology and medicine, physics, mathematics, computational science, chemistry, information technology, biotechnology, bioengineering, micro-electronics and other disciplines. This interdisciplinarity is unique to the D-BSSE and the open access to in-house scientific facilities a key advantage to foster collaborations. Here, experimental biologists, engineers and computational biologists (or bioinformaticians) work together for a better understanding and towards engineering complex biological systems in order to address challenges of human health and disease as well as production processes in industry.

Timm Schroeder and his Cell Systems Dynamics Group developed a new bio-imaging method to quantify the molecular and cellular dynamics in cells and even large 3-dimensional organs, a tool that provides insights to the life-span of different cell types (D-BSSE News, 06.03.2018). More recently, the group focused on the molecular control of life-long regeneration and repair as well as fate in mammalian stem cells (CSD group website). In a collaborative study with the University of Basel, Timm found how a lack of oxygen in tumours promotes metastasis (UniBas News, 08.09.2020).
Using single-cell technologies, research in the Quantitative Developmental Biology group of Barbara Treutlein also focuses on the quantitative description of cells (or cell states) and organoids, 3-dimensional structures derived from stem cell cultures, which resemble mini-organs in a laboratory dish and are excellent in vitro models of human physiology and pathology (see for instance ETH News on a human brain model for studying autism, 13.09.2023). In recent studies, researchers from the Treutlein group showed how different cell types emerge in human cerebral organoids and how cells transition from their pluripotent state to form multiple cell types and regions (D-BSSE News, 21.01.2022). Together with colleagues worldwide, Barbara coordinates the international Human Organoid Atlas initiative, linking the knowledge on individual cells to the tissue profiles in the Human Cell Atlas (ETH News, 07.10.2022, or ETH News on the human retina atlas, 08.05.2023).
Single-cell sequencing technologies are also key tools used in the Laboratory of Systems Physiology led by Andreas Moor, which explores how cells communicate and collaborate with one another in complex tissues (D-BSSE News, 26.06.2020). In a collaborative study with the University of Zurich, Andreas explored T-cell memory in COVID-19 recovered patients (D-BSSE News, 14.12.2021). In an earlier study, researchers from the Moor group contributed to the first comprehensive single-cell atlas of human teeth (external page UZH News, 27.04.2021).

Focussing on the thymus as primary lymphoid organ of the immune system, researchers from the Developmental Immunology lab led by Georg Holländer investigate the genetic control mechanisms in thymus cell differentiation during organ development and how tissue ages, amongst other questions. Using single-cell RNA sequencing, the group showed that ageing starts with the thymus, in other words: ageing impairs core immunological functions of the mouse thymus (D-BSSE news, 05.03.2020).
Combining microscopic imaging and computational analysis, recent work of the Computational Biology group led by Dagmar Iber shows in detail, how epithelia grow (D-BSSE News, 06.10.2021) and how fluid-flow drives biased tube elongation in lung and kidney organ development (D-BSSE News, 05.05.2021). A study investigating how the spine and brain form, a key process in embryonic development, also sheds light on understanding defects such as spina bifida (ETH News, 16.05.2022). In a recent study, Dagmar collaborates with researchers at the University Hospital Basel to explore how mechanical properties of the bladder tissue influence the growth direction of bladder tumours, a critical factor in determining the aggressiveness of bladder cancer (ETH News, 25.04.2024).
The study of biological systems from the micro- to the nanoscale is the subject of the Biophysics group led by Daniel Müller. In 2017, researchers from the Müller group announced a major breakthrough: they developed a highly sensitive scale that allowed to weigh individual living cells (ETH news, 26.10.2017). The scale they developed, an oscillating microscopic cantilever, achieves a resolution of milliseconds and trillionths of a gram. Using a high-performance fluorescence microscope allowed to observe and track a cell and its weight during cell growth and cell division. The molecular characterisation of cells, their physiology and behaviour and even their mobility in the body were extensively studied (ETH news, 15.10.2020). Because our understanding of cellular systems has grown extensively over the past decades, and their engineering for widespread use in human therapies is becoming a long-awaited reality, Daniel is also spearheading the public discourse on the ethical challenges of engineering life (ETH Blog, 23.09.2022).
The biophysics of molecules is also a key interest of external page Michael Nash and his team at the Lab for Molecular Engineering of Synthetic Systems. He revealed the molecular mechanism of binding in proteins in a study on gut bacteria (external page UniBas News, 28.08.2020), adding a jigsaw piece to the vastly undiscovered role of the microbiome to human health. Understanding biological systems and designing (or: bioengineering) artificial molecular systems has many therapeutic and industrial applications such as synthetic biosensors, biomaterials or even bio-glues that speed up the healing of wounds.

Optogenetics, a technology using genetic switches which react to light, is one of the key research areas of the Control Theory and Systems Biology lab of Mustafa Khammash. Utilising molecules’ sensitivity to light to control biological processes allows researchers to develop novel control schemes for biotechnology (ETH News, 11.09.2020; D-BSSE News, 28.04.2021). Another field of interest of the group are integral feedback mechanisms that ensure that systems resist external disturbances. Experiments with synthetically designed circuits illustrate the ample spectrum of possible applications: biotechnologists may put such control mechanisms to work in bacteria to produce vitamins, medications, chemicals or biofuels (ETH News, 19.06.2019).
Synthetic circuits are also of key interest to the Computational Systems Biology group led by Joerg Stelling. A recent study developed a computational tool that explores thousands of circuit architectures of molecular networks which are activated in response to external stimuli; the method enables the rapid prototyping of a synthetic decoder in budding yeast (DBSSE News, 29.03.2021). The group also developed the so called cell region fingerprint tracker, a computational method analysing different types of microscopy images in order to link the genotype with the desired phenotype at a high rate (DBSSE News, 26.09.2022).
The engineering of synthetic molecules including complex gene networks and their incorporation in live cells to have them fulfil a certain purpose is one of the research areas of the Bioprocess lab led by Sven Panke. In a recent study, lab members together with colleagues at D-BSSE developed a tool to determine the productivity of ribosomes in producing proteins in bacterial cells, a valuable method for biotechnologists in the pharmaceutical industry who aim to precisely control protein production to treat, for example, genetic diseases (ETH News, 27.08.2020). Sven’s lab also works on alternatives to oil-based chemicals and looks for - and evolves - new enzymes for this. This should help our transition to a sustainable economy (D-BSSE News, 25.01.2021). An exciting development that triggered interest in the textile industry is the engineered E.coli-bacterium, which turns glucose into indigo dye by fermentation – a promise for ‘greener’ blue jeans (D-BSSE News, 04.10.2023).

Understanding immunity and antibody design are key research topics of the Systems and Synthetic Immunology lab led by Sai Reddy. Research on developing an artificial intelligence-based method to optimise antibody drugs that are in clinical development (ETH News, 15.04.2021) led to the founding of the D-BSSE spinoff deepCDR Biologics. A computational method developed during the COVID-19 pandemic explored how the coronavirus could evolve to develop antibody therapies and vaccines that are more likely to effectively fight future viral variants (ETH News, 04.09.2022). Combining the early detection of emerging variants with testing at the same time resulted in an innovative platform called DeepSARS, a valuable tool for tracking future pandemics (BRCCH News, 17.06.2022). Founded in 2021, the spinoff Engimmune Therapeutics developed technologies to engineer the T-cell receptors on immune cells. These TCRs recognise specific tumour antigens in solid cancers. This promising therapeutic approach is less costly, scalable and reduces time-to-patient dosing significantly (ETH News for Industry, 30.11.2023).

The Computational Biology lab led by Niko Beerenwinkel focusses on analytical and statistical tools that reveal patterns in patient and other biological data. A recent study explores the architecture of tumours, revealing that tissue structure in different types of cancer is decisive in determining how a tumour develops (ETH News, 08.02.2022). As part of a large national effort called Tumour Profiler Study, which also involves clinical partners and pharmaceutical industry, data experts from the Beerenwinkel group contributed to a thorough and highly precise investigation into the molecular and functional properties of tumours with the aim to help physicians to better determine which treatment will best match every patient’s cancer and thus be most effective (ETH News, 21.01.2021). A different area for application is virology: Working with molecular biologists, the team also performed a computational analysis of viral RNA-snippets they found in wastewater during the coronavirus pandemic – and laid the ground for an early warning system that detects viral mutations of SARS-CoV-2 in sewage treatment plants (ETH News, 30.06.2021).
The COVID-19 pandemic was also for the Computational Evolution group of Tanja Stadler the moment, to take a leading role in advising on epidemiology. Using genetic sequencing data, the group quantifies pathogen dynamics, in the case of the coronavirus SARS-CoV-2 analyses when and where which variant occurred and how the virus spreads (ETH News, 29.10.2020). This allows to follow the evolution of the pathogen, a valuable phylogenetic method which was already applied and further developed by the group during earlier epidemics such as Zika, Ebola and the seasonal influenza. The data is relevant for public health officials when managing an epidemic (ETH Blog, 27.06.2018). During the pandemic, Tanja Stadler advised the Swiss government first as a member of the COVID-19 Science Task Force, later as its president (ETH News, 01.02.2021).

The Biotechnology group of Martin Fussenegger has repeatedly shown that genetically modified cells have a great potential to be used as diagnostics or therapeutics. The group has a wealth of experience in developing genetic networks and implants that respond to specific physiological states of the body, such as blood lipid levels that are too high or blood sugar levels that are too low. Apart from light-induced genetic switches that can be operated with green LED light emitted by commercial smart-watches (ETH News, 07.06.2021) also electrical signals penetrating into the body to a receiving device can stimulate a gene expression and hence, biochemical reaction in the body (ETH News, 28.05.2020). A potential application: The device contains the electronic control unit and insulin-producing cells and is implanted in the body of a diabetic. When blood sugar rises after food-update, the diabetic can use an app on the smartphone to trigger an electrical signal and insulin-production is set on in the implant. More recently, Martin’s group developed an implantable fuel cell that generates electricity from excess glucose in the blood which can be used to operate for instance, medical devices (ETH News, 28.03.2023). An example from an application in the area of diagnostics: An earlier study shows that synthetic gene networks can be used as an early warning system to diagnose the four most common types of cancer (ETH News, 18.04.2018).
Also, the Bioengineering group led by Randall Platt use genetically modified cells as diagnostic tools. Gut bacteria with data logger functionality were modified to capture gut health status, a study shows (ETH News, 12.05.2022). This microorganism gains its recording function using a CRISPR-Cas mechanism. Orally applied, the bacteria pass gut and intestine and ‘remember’ environmental conditions. Hence, this microorganism could one day offer a non-invasive means of diagnosing disease or assessing the impact of a diet on health. In an earlier study, Randall’s group revolutionised the gene editing tool CRISPR-Cas: now, for the very first time, it is possible to modify dozens, if not hundreds of genes in a cell simultaneously (ETH News, 14.08.2019).

A different approach to understanding and fighting diseases and testing potential drug candidates is developed by the Bio Engineering Lab led by Andreas Hierlemann. Micro-scale chips manufactured in the inhouse Cleanroom Facility are key analytical devices. The latest generation of microelectrode-array chips enables comprehensive recordings of thousands of nerve cells at a time (ETH News, 28.09.2020), a valuable tool for testing the effects of drugs using human cell cultures rather than lab animals. Another type of chip carrying different cell types including embryonic stem cells and microtissue spheroids is used for toxicity testing of potentially harmful chemical compounds on the placenta and embryo (ETH News, 21.07.2021). Organ-on-a-chip platforms for drug testing are being commercialised by InSphero, a D-BSSE spinoff originating from the Hierlemann lab.
Combating the ever-growing challenges of antimicrobial resistance requires new tools and innovative approaches, a challenge also the Bioanalytics lab led by Petra Dittrich takes. Contributing to the National Competence Centre for Research “AntiResist”, researchers developed a new microfluidic chip that facilitates the generation and screening of antimicrobial peptides using liposome-sensors that help sort (and separate) membrane-active antimicrobials (D-BSSE News, 26.01.2022). Separating biomolecules in ultra-low volume droplets by way of electrophoresis is also an attractive tool for drug screening and toxicity tests in industry (ETH industry News, 05.11.2020). Specialised microfluidic devices also give clinicians a valuable tool at hand who search for circulating tumour cells in whole blood samples (D-BSSE News, 24.04.2020).

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Stellen Sie sich an die Stelle, an der sich die Passarelle teilt. Lassen Sie nun den beleuchteten Raum, in dem Sie sich befinden, auf sich wirken und halten Sie Ausschau nach Forscher:innen in ihren Laborkitteln, Studierenden an ihren Arbeitsplätzen und Mitarbeitern, die sich mit Kollegen aus anderen Fachbereichen und benachbarten Institutionen austauschen.
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Die kleinste Einheit des Lebens ist die Zelle. Ihre Strukturen, Funktionen und molekularen Prozesse charakterisieren die Zelle als Grundbaustein jedes lebenden Organismus. Während einzellige Organismen wie Bakterien oder Hefen allein leben, hängt ihre Existenz von den Wechselwirkungen zwischen ihnen und ihrer Umgebung ab. In mehrzelligen Organismen bilden Zellen Gewebe und Organe, die bestimmte Aufgaben erfüllen, wie das Nervensystem oder das Immunsystem.
Je nach Forschungsfrage werden am D-BSSE verschiedene biologische Systeme unterschiedlicher Dimension untersucht. Die Wissenschaftler am D-BSSE erforschen quantitativ die Organisation und Integration biologischer Systeme, sei es auf organismischer, zellulärer oder sogar molekularer Ebene. Unsere experimentellen Biologen haben diesen Fokus auf das 'System' in der Forschung. Darüber hinaus gibt es im D-BSSE Forscher:innen, die sich mit der Entwicklung von Strategien und Techniken zur Abänderung und Neugestaltung zellulärer und molekularer Funktionen für Anwendungen bei medizinischen und anderen biotechnologischen Produkten und Therapien befassen. Dies sind unsere Bio-Ingenieure und synthetischen Biologen. D-BSSE-Forscher analysieren auch große biologische Datensätze, die z. B. aus der Genomsequenzierung stammen. So können genetische Muster aufgedeckt werden, die zu Krankheiten führen (oder diese begünstigen). Diese "Big-Data-Analysen" werden von unseren Computer-gestützten Biologen und Bioinformatikern durchgeführt. Tatsächlich bewegen sich die meisten Wissenschaftler des D-BSSE bei ihrer täglichen Forschung in allen drei hier beschriebenen Disziplinen - sie arbeiten interdisziplinär.
Herausforderungen für die Forschung
Die Forscher des D-BSSE untersuchen Fragen wie: Wie interagiert ein biologisches System (bestehend aus einer Zelle und ihren Bestandteilen oder einer Gruppe von Zellen, die sich aneinander klammern) mit benachbarten Systemen? Wie greifen Störungen in die Funktionsabläufe des biologischen Systems ein, und wann lösen diese Störungen eine Erkrankung der Zelle oder gar ihren Tod aus? Welche Prozesse führen zu Zellkrankheiten, und welche Teile können zielgerichtet editiert oder verändert werden, um zu verhindern, dass eine gesunde Zelle in einen krebsartigen Zustand übergeht? Welche Muster im Zellgenom deuten auf Abweichungen von normalen Zellfunktionen oder auf Krankheiten hin? Wie kann der Werkzeugkasten der Zellen genutzt werden, um Zellen umzuprogrammieren oder molekulare Medikamente herzustellen?
Aufgrund der Komplexität dieser Fragen arbeiten Forscher mit unterschiedlichem Hintergrund zusammen und verbinden wissenschaftliche Erkenntnisse und Konzepte aus Biologie und Medizin, Physik, Mathematik, Computerwissenschaften, Chemie, Informationstechnologie, Biotechnologie, Bioingenieurswesen, Mikroelektronik und anderen Disziplinen. Diese Interdisziplinarität ist einzigartig für das D-BSSE und der offene Zugang zu den wissenschaftlichen Einrichtungen im Haus ein entscheidender Vorteil bei der Zusammenarbeit. Hier arbeiten experimentelle Biologen, Ingenieure und rechnergestützte Biologen (oder Bioinformatiker) zusammen, um komplexe biologische Systeme besser zu verstehen, zu verändern und zu konstruieren. Die Herausforderungen der menschlichen Gesundheit und Krankheit sowie der Produktionsprozesse in der Industrie geben den Anstoss für die Forschungsfragen.
Timm Schroeder und seine Cell Systems Dynamics Group haben eine neue Bildgebungsmethode entwickelt, um die molekulare und zelluläre Dynamik in Zellen und sogar großen dreidimensionalen Organen zu quantifizieren, ein Werkzeug, das Einblicke in die Lebensspanne verschiedener Zelltypen bietet (D-BSSE News, 06.03.2018). In jüngerer Zeit konzentrierte sich die Gruppe auf die molekulare Kontrolle der lebenslangen Regeneration und Reparatur sowie des Schicksals in Säugetierstammzellen (Website der CSD-Gruppe). In einer gemeinsamen Studie mit der Universität Basel fand Timm heraus, wie Sauerstoffmangel in Tumoren die Metastasierung fördert (external page UniBas News, 08.09.2020).
Mit Hilfe von Einzelzelltechnologien konzentriert sich die Forschung in der Gruppe Quantitative Entwicklungsbiologie von Barbara Treutlein ebenfalls auf die quantitative Beschreibung von Zellen (oder Zellzuständen) und Organoiden, dreidimensionale Strukturen, die aus Stammzellkulturen gewonnen werden. Organoide ähneln Miniorganen in einer Laborschale und sind ausgezeichnete In-vitro-Modelle der menschlichen Physiologie und Pathologie (siehe zum Beispiel ETH News über ein menschliches Gehirnmodell zur Erforschung von Autismus, 13.09.2023). In kürzlich durchgeführten Studien haben Forscher der Gruppe Treutlein gezeigt, wie verschiedene Zelltypen in menschlichen Hirnorganoiden entstehen und wie Zellen aus ihrem pluripotenten Zustand in mehrere Zelltypen und Regionen übergehen (D-BSSE News, 21.01.2022). Zusammen mit Kollegen auf der ganzen Welt koordiniert Barbara die internationale Human Organoid Atlas Initiative, welche die Daten mit den Gewebeprofilen im Human Cell Atlas verknüpft (ETH News, 07.10.2022, oder ETH News über den menschlichen Netzhautatlas, 08.05.2023).
Einzelzell-Sequenzierungstechnologien sind auch wichtige Instrumente im Labor für Systemphysiologie unter der Leitung von Andreas Moor, das erforscht, wie Zellen in komplexen Geweben miteinander kommunizieren und zusammenarbeiten (D-BSSE News, 26.06.2020). In einer gemeinsamen Studie mit der Universität Zürich untersuchte Andreas Moor das T-Zell-Gedächtnis bei COVID-19-Patienten (D-BSSE News, 14.12.2021). In einer früheren Studie trugen Forscher der Moor-Gruppe zum ersten umfassenden Einzelzell-Atlas der menschlichen Zähne bei (external page UZH News, 27.04.2021).
Durch die Kombination von mikroskopischer Bildgebung und computergestützter Analyse zeigt die jüngste Arbeit der Gruppe Computational Biology unter der Leitung von Dagmar Iber im Detail, wie Epithelien wachsen (D-BSSE News, 06.10.2021) und wie der Flüssigkeitsstrom die einseitige Verlängerung der Röhren in der Entwicklung von Lungen- und Nierenorganen antreibt (D-BSSE News, 05.05.2021). Eine Studie, die untersucht, wie sich die Wirbelsäule und das Gehirn bilden, ein Schlüsselprozess in der Embryonalentwicklung, wirft auch ein Licht auf das Verständnis von Defekten wie Spina bifida (ETH News, 16.05.2022). In einer aktuellen Studie untersucht Dagmar zusammen mit Forschern des Universitätsspitals Basel, wie mechanische Eigenschaften des Blasengewebes die Wachstumsrichtung von Blasentumoren beeinflussen, ein entscheidender Faktor für die Aggressivität von Blasenkrebs (ETH-News, 25.04.2024).
Das Studium biologischer Systeme von der Mikro- bis zur Nanoskala ist das Thema der Biophysik-Gruppe von Daniel Müller. Im Jahr 2017 verkündeten die Forschenden der Müller-Gruppe einen wichtigen Durchbruch: Sie entwickelten eine hochempfindliche Waage, die es erlaubt, einzelne lebende Zellen zu wiegen (ETH-News, 26.10.2017). Die von ihnen entwickelte Waage, ein oszillierender mikroskopischer Cantilever, erreicht eine Auflösung von Millisekunden und Billionstel Gramm. Der Einsatz eines Hochleistungs-Fluoreszenzmikroskops ermöglichte es, eine Zelle und ihr Gewicht während des Zellwachstums und der Zellteilung zu beobachten und zu verfolgen. Die molekulare Charakterisierung von Zellen, ihre Physiologie und ihr Verhalten und sogar ihre Mobilität im Körper wurden eingehend untersucht (ETH-News, 15.10.2020). Da unser Verständnis zellulärer Systeme in den letzten Jahrzehnten stark gewachsen ist und ihr Engineering für eine breite Anwendung in der menschlichen Therapie zur lang ersehnten Realität wird, führt Daniel auch den öffentlichen Diskurs über die ethischen Herausforderungen des Engineering Life an (ETH Blog, 23.09.2022).
Die Biophysik der Moleküle ist auch ein Hauptinteresse von external page Michael Nash und seinem Team im Lab for Molecular Engineering of Synthetic Systems. Er hat den molekularen Mechanismus der Bindung von Proteinen in einer Studie über Darmbakterien aufgedeckt (external page UniBas News, 28.08.2020) und damit ein Puzzleteil ergänzt zu der noch weitgehend unentdeckten Rolle des Mikrobioms für die menschliche Gesundheit. Das Verständnis biologischer Systeme und das Designen (oder: das Bio-Engineering) künstlicher molekularer Systeme hat viele therapeutische und industrielle Anwendungen wie synthetische Biosensoren, Biomaterialien oder sogar Biokleber, die die Wundheilung beschleunigen.
Die Optogenetik, eine Technologie mit genetischen Schaltern, die auf Licht reagieren, ist einer der Forschungsschwerpunkte des Labors für Kontrolltheorie und Systembiologie von Mustafa Khammash. Die Nutzung der Lichtempfindlichkeit von Molekülen zur Steuerung biologischer Prozesse ermöglicht es den Forschern, neuartige Kontrollsysteme für die Biotechnologie zu entwickeln (ETH News, 11.09.2020; D-BSSE News, 28.04.2021). Ein weiteres Interessengebiet der Gruppe sind integrale Rückkopplungsmechanismen, die sicherstellen, dass Systeme externen Störungen widerstehen. Experimente mit synthetisch hergestellten Schaltkreisen zeigen das breite Spektrum möglicher Anwendungen: Biotechnologen könnten solche Kontrollmechanismen in Bakterien einsetzen, um Vitamine, Medikamente, Chemikalien oder Biotreibstoffe zu produzieren (ETH News, 19.06.2019).
Synthetische Schaltkreise sind auch von zentralem Interesse für die Gruppe Computational Systems Biology unter der Leitung von Jörg Stelling. In einer kürzlich durchgeführten Studie wurde ein computergestütztes Werkzeug entwickelt, mit dem Tausende von Schaltkreisarchitekturen molekularer Netzwerke untersucht werden können, die als Reaktion auf externe Stimuli aktiviert werden; die Methode ermöglicht das schnelle Prototyping eines synthetischen Decoders in knospenden Hefen (D-BSSE News, 29.03.2021). Die Gruppe entwickelte auch den so genannten „Zellregion Fingerabdruck-Tracker" (cell region fingerprint tracker), eine rechnergestützte Methode, die verschiedene Arten von Mikroskopiebildern analysiert, um mit hoher Geschwindigkeit den Genotyp mit dem gewünschten Phänotyp zu verbinden (D-BSSE News, 26.09.2022).
Das Engineering synthetischer Moleküle einschließlich komplexer Gennetzwerke und deren Einbau in lebende Zellen, damit diese einen bestimmten Zweck erfüllen, ist eines der Forschungsgebiete des von Sven Panke geleiteten Bioprozesslabors. In einer aktuellen Studie haben die Mitglieder des Labors zusammen mit Kollegen am D-BSSE ein Werkzeug entwickelt, um die Produktivität von Ribosomen bei der Proteinsynthese in Bakterienzellen zu bestimmen. Diese Methode ist besonders für Biotechnologen in der pharmazeutischen Industrie wertvoll, da diese die Produktion von Proteinen präzise steuern wollen beispielsweise bei der Behandlung von genetischen Krankheiten (ETH News, 27.08.2020). Svens Labor arbeitet auch an Alternativen zu ölbasierten Chemikalien und sucht - und entwickelt - dafür neue Enzyme, die uns beim Übergang zu einer nachhaltigen Wirtschaft unterstützen (D-BSSE News, 25.01.2021). Eine spannende Entwicklung, die das Interesse der Textilindustrie geweckt hat, ist das gentechnisch veränderte E.coli-Bakterium, das durch Fermentation Glukose in Indigo-Farbstoff umwandelt - ein Versprechen für „grünere“ Blue Jeans (D-BSSE News, 04.10.2023).
Das Verständnis von Immunität und das Design von Antikörpern sind zentrale Forschungsthemen des von Sai Reddy geleiteten Labors für System- und Synthetische Immunologie. Das D-BSSE-Spinoffs deepCDR Biologics ging zum Beispiel aus der Forschung zur Entwicklung einer auf künstlicher Intelligenz basierenden Methode hervor, die zum Ziel hat, Antikörpermedikamente, die sich in der klinischen Entwicklung befinden, zu optimieren (ETH News, 15.04.2021). Eine während der COVID-19-Pandemie entwickelte Berechnungsmethode untersuchte, wie sich das Coronavirus weiterentwickeln könnte, um Antikörpertherapien und Impfstoffe zu entwickeln, die künftige Virusvarianten wirksamer bekämpfen können (ETH News, 04.09.2022). Die Kombination der Früherkennung neu auftretender Varianten mit gleichzeitigen Tests führte zu einer innovativen Plattform namens DeepSARS, einem wertvollen Instrument zur Verfolgung zukünftiger Pandemien (BRCCH News, 17.06.2022). Das 2021 gegründete Spin-off Engimmune Therapeutics entwickelt Technologien zur Entwicklung von T-Zell-Rezeptoren auf Immunzellen. Diese 'TCRs' erkennen spezifische Tumorantigene bei soliden Krebserkrankungen. Dieser vielversprechende therapeutische Ansatz ist weniger kostspielig, skalierbar und verkürzt die Zeit bis zur Verabreichung an den Patienten erheblich (ETH News for Industry, 30.11.2023).
Das von Niko Beerenwinkel geleitete Labor für Rechnergestützte Biologie konzentriert sich auf analytische und statistische Werkzeuge, die Muster in Patienten- und anderen biologischen Daten aufdecken. Eine aktuelle Studie erforscht die Architektur von Krebstumoren und zeigt, dass die Gewebestruktur bei verschiedenen Krebsarten entscheidend dafür ist, wie sich ein Tumor entwickelt (ETH News, 08.02.2022). Im Rahmen der Tumor Profiler Studie, an der auch klinische Partner und die pharmazeutische Industrie beteiligt sind, haben Datenexperten der Beerenwinkel-Gruppe zu einer gründlichen und hochpräzisen Untersuchung der molekularen und funktionellen Eigenschaften von Tumoren beigetragen. Ziel ist es, den Ärzten zu helfen, besser zu bestimmen, welche Behandlung am besten zum jeweiligen Krebstypus eines Patienten passt und somit am effektivsten ist (ETH News, 21.01.2021). Ein weiteres Anwedungsgebiet ist die Virologie: In Zusammenarbeit mit Molekularbiologen führte das Team eine computergestützte Analyse von viralen RNA-Schnipseln durch, die sie während der COVID-19-Pandemie in Abwässern gefunden hatten - und legte damit den Grundstein für ein Frühwarnsystem, das virale Mutationen von SARS-CoV-2 in Kläranlagen erkennt (ETH News, 30.06.2021).
Die COVID-19-Pandemie war auch für die Gruppe für Rechnergestützte Evolution von Tanja Stadler der Moment, eine führende Rolle in der Epidemiologieberatung einzunehmen. Anhand von genetischen Sequenzierungsdaten quantifiziert die Gruppe die Dynamik der Ausbreitung der Erreger, im Fall des Coronavirus SARS-CoV-2 analysiert sie, wann und wo welche Variante aufgetreten ist und wie sich das Virus ausbreitet (ETH News, 29.10.2020). Damit lässt sich die Evolution des Erregers verfolgen, eine wertvolle phylogenetische Methode, die von der Gruppe bereits bei früheren Epidemien wie Zika, Ebola und der saisonalen Grippe angewandt und weiterentwickelt wurde. Die Daten sind für die Gesundheitsbehörden bei der Bewältigung einer Epidemie relevant (ETH Blog, 27.06.2018). Während der COVDI-19-Pandemie beriet Tanja Stadler die Schweizer Regierung zunächst als Mitglied der COVID-19 Science Task Force, später als deren Präsidentin (ETH News, 01.02.2021).
Die Biotechnologie-Gruppe von Martin Fussenegger hat wiederholt gezeigt, dass gentechnisch veränderte Zellen ein grosses Potenzial für den Einsatz als Diagnostika oder Therapeutika haben. Die Gruppe verfügt über einen reichen Erfahrungsschatz in der Entwicklung von genetischen Netzwerken und Implantaten, die auf bestimmte physiologische Zustände des Körpers reagieren, etwa auf zu hohe Blutfettwerte oder zu niedrige Blutzuckerwerte. Neben lichtinduzierten genetischen Schaltern, die mit grünem LED-Licht von handelsüblichen Smartwatches betrieben werden können (ETH News, 07.06.2021), können auch elektrische Signale, die im Körper zu einem Empfangsgerät dringen, eine Genexpression und damit eine biochemische Reaktion im Körper anregen (ETH News, 28.05.2020). Eine mögliche Anwendung: Das Gerät enthält die elektronische Steuereinheit sowie insulinproduzierende Zellen und wird in den Körper eines Diabetikers implantiert. Steigt der Blutzucker nach der Nahrungsaufnahme an, kann der Diabetiker über eine App auf dem Smartphone ein elektrisches Signal auslösen und die Insulinproduktion im Implantat wird in Gang gesetzt. Kürzlich entwickelte Martins Gruppe eine implantierbare Brennstoffzelle, die aus überschüssiger Glukose im Blut Strom erzeugt, der zum Beispiel für den Betrieb von medizinischen Geräten genutzt werden kann (ETH News, 28.03.2023). Ein Anwendungsbeispiel aus der Diagnostik: Eine frühere Studie zeigt, dass synthetische Gennetzwerke als Frühwarnsystem eingesetzt werden können, um die vier häufigsten Krebsarten zu diagnostizieren (ETH News, 18.04.2018).
Die Bioengineering-Gruppe von Randall Platt nutzt gentechnisch veränderte Zellen als Diagnoseinstrumente. Wie eine Studie zeigt wurden Darmbakterien mit Datenloggerfunktion modifiziert, um den Gesundheitszustand des Darms zu erfassen (ETH News, 12.05.2022). Dieser Mikroorganismus erhält seine Aufzeichnungsfunktion durch einen CRISPR-Cas-Mechanismus. Oral verabreicht, passieren die Bakterien Magen und Darm und „merken“ sich die Umweltbedingungen. Daher könnte dieser Mikroorganismus eines Tages ein nicht-invasives Mittel zur Diagnose von Krankheiten oder zur Bewertung der Wirksamkeit einer Diät auf die Gesundheit sein. In einer früheren Studie berichtete Randalls Gruppe über eine bahnbrechende Weiterentwicklung des Gen-Editing-Werkzeug CRISPR-Cas: Nun ist es erstmals möglich, Dutzende, wenn nicht Hunderte von Genen in einer Zelle gleichzeitig zu verändern (ETH News, 14.08.2019).
Das Bio-Engineering-Labor unter der Leitung von Andreas Hierlemann entwickelt einen anderen Ansatz zum Verständnis und zur Bekämpfung von Krankheiten und testet potenzielle Arzneimittelkandidaten. Mikrochips, die in der Reinraumanlage hergestellt werden, sind wichtige analytische Geräte. Die neuste Generation von Mikroelektroden-Array-Chips ermöglicht umfassende Ableitungen von Tausenden von Nervenzellen auf einmal (ETH News, 28.09.2020), ein wertvolles Instrument, um die Wirkung von Medikamenten an menschlichen Zellkulturen statt an Labortieren zu testen. Eine andere Art von Chip mit verschiedenen Zelltypen, darunter embryonale Stammzellen und Mikrogewebe-Sphäroide, wird für Toxizitätstests von potenziell schädlichen chemischen Verbindungen auf der Plazenta und dem Embryo verwendet (ETH News, 21.07.2021). Organ-on-a-Chip-Plattformen für Medikamententests werden von InSphero kommerzialisiert, einem D-BSSE-Spinoff, das aus dem Hierlemann-Labor hervorgegangen ist.
Die wachsenden Herausforderungen durch antimikrobielle Resistenzen erfordern neue Werkzeuge und innovative Ansätze, eine Aufgabe, der sich auch das von Petra Dittrich geleitete Bioanalytik-Labor stellt. Im Rahmen des Nationalen Forschungsschwerpunkts „AntiResist“ haben die Forschenden einen neuen Mikrofluidik-Chip entwickelt, der die Erzeugung und das Screening antimikrobieller Peptide mit Hilfe von Liposomen-Sensoren erleichtert, die bei der Sortierung (und Trennung) membranaktiver antimikrobieller Substanzen helfen (D-BSSE news, 26.01.2022). Die Trennung von Biomolekülen in ultrakleinen Tröpfchen mittels Elektrophorese ist auch ein attraktives Instrument für das Wirkstoffscreening und Toxizitätstests in der Industrie (ETH industry News, 05.11.2020). Spezialisierte Mikrofluidik-Geräte geben auch Klinikern ein wertvolles Werkzeug an die Hand, die in Vollblutproben nach zirkulierenden Tumorzellen suchen (D-BSSE News, 24.04.2020).

Nächste Station: Lehre und Ausbildung (Ebene D)
Diese Tour geht weiter auf Ebene D. Um dorthin zu gelangen nehmen Sie bitte eine der Treppen, die links und rechts von der Passarelle runterführen; Lifte gibt es an beiden Enden der Passarelle.
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